Formation sur l'utilisation des bases de données naturalistes

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10 personnes ont participé à cette journée de formation qui s'est déroulée le 17 décembre 2004, à la Réserve Naturelle des Ramières de la Drôme (26).

Bases de données sur excel

Le matin, nous avons principalement parlé de l'utilisation d'excel, car les deux personnes présentes étaient des familiers de ce logiciel. J’ai proposé un modèle de tableau de saisie avec les champs minimums suivants :

NOM FR
ou NOM LATIN
DATE
COMMUNE
LIEUDIT
PRECISION DE LIEU
ALTITUDE
OBSERVATIONS
NOMBRE VU
OBSERVATEUR
ORIGINE DE SAISIE

Nous avons évoqué aussi les limites et des dangers de ce logiciel : lors des tris notamment, les données peuvent être mélangées. Aussi avons-nous fait quelques exercices pour sauvegarder systématiquement les données après chaque saisie. La méthode proposée est de faire une copie compressée de la base (après chaque saisie), qui est ensuite archivée sur le disque de l’ordi et sur des CD. Au passage, j'ai retenu l'idée de Cyrille (présent l'après midi) de nommer les fichiers par date à l’anglo-saxonne, suivi du nom du fichier (par exemple "20051217Faune.zip"), ce qui offre l'avantage de pouvoir classer les archives datées facilement. Le principe des archives datées permet des retours en arrière en cas de perte de données. Nous avons également fait des exercices pratiques pour faire des recherches avec l’outil très performant d’excel appelé “filtre automatique personnalisé” et créé des “tableaux croisés dynamiques” à partir de véritables bases de données existantes.

Nous avons évoqué également la possibilités des faire des cartes de répartition avec excel, en superposant des graphiques “nuages de points” ou “bulles” sur une carte scannée mise au fond du graphique. J’ai fait un petit doc mode d’emploi sur ce sujet des coffres forts.

http://www.usemod.com/cgi-bin/wiki.pl?CoffreFort

La conclusion de la matinée a été qu’excel peut être utile pour des petites bases et à condition de maîtriser les aides à la saisie pour éviter les erreurs de frappe sur les noms d’espèces ou de communes. Nous avons constaté que nous manquons de savoir faire sur ce dernier point.

Tous ces points ont été rapidement vus avec les participants de l’après midi et de la soirée, mais plus succinctement. Nous avons surtout travaillé sur les bases relationnelles sur Filemaker.

Bases de données “entre amis” sur Filemaker

Le début de l’après midi a été consacré à résoudre les petits problèmes de compatibilités de la base de données sur Filemaker 8 mac et sur pc. Nous avons vu qu’il y a quelques adaptations à faire au niveau des polices et dans la gestion des fenêtres, mais à part ces détails de présentation, les deux versions sont parfaitement compatibles. Nous avons revu la question des sauvegardes datées, car si Filemaker offre un peu plus de sécurité qu’Excel, les erreurs peuvent arriver d’un seul clic malheureux et sans possibilité de retour, puisque ce logiciel enregistre automatiquement. La prudence est donc de mise.

L’architecture de la base “entre amis” est très simple. Elle d’appuie sur une table principale dans laquelle toutes les saisies sont faites. Généralement, la saisie est accélérée en dupliquant des fiches existantes par Pomme D (ou Ctrl D sur PC). Les tables liens ne sont que des dictionnaires qui assurent le contrôle rigoureux de la saisie des noms d’espèces (saisie d’un code de 6 lettres, 3 premières du nom de genre, 3 premières du nom d’espèce), des noms de communes (saisie du code INSEE). Une table des Lieudits est également à disposition. Un menu déroulant des lieudits de la commune est ainsi disponible une fois que le code INSEE est saisi. Ainsi dans sa version simplifiée, la base “entre amis” n’est composée que de quatre tables : une principale et trois dictionnaires.

Après cette présentation, nous avons testé l'importation des données dans Filemaker à partir d’une table Excel et contenant de vraies observations naturalistes. L’architecture de notre base étant proche d’un simple tableau Excel. Pour importer les données, il suffit généralement de compléter les tableaux que l’on reçoit en ajoutant à la main les codes des espèces et les codes des communes. Ce travail n’est pas si long. D’expérience, vous savons que 4 heures sont suffisantes pour 20 000 données “propres”. Nous avons fait également l’exercice encore plus simple d’exporter les données de Filemaker sur Excel. C’est très simple car Filemaker depuis la version 8 sait enregistrer directement à ce format. La base “entre amis” comprend quelques scripts qui permettent de créer des rapports automatiques comme des listes d’espèces par communes, par sites ou par département. Les listes, bénéficiant d’une présentation soignées, avec les nom en latin et en français, la date et les noms des derniers observateurs... peuvent être exportés en l’état au format PDF. C’est un outils très pratique de valorisation des travaux naturalistes.

Nous avons rapidement échangé sur les aspect déontologie, propriété des données, attitude à avoir vis à vis des bureau d’étude, mais sans approfondir car ce n’était pas le sujet principal.

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Voici donc un résumé de cette journée sympathique qui c’est terminée par un petit casse croûte et un verre de vin.
Jean-Michel Faton

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